Abstract
Most common breast cancer susceptibility variants have been identified through genome-wide association studies (GWAS) of predominantly estrogen receptor (ER)-positive disease1. We conducted a GWAS using 21,468 ER-negative cases and 100,594 controls combined with 18,908 BRCA1 mutation carriers (9,414 with breast cancer), all of European origin. We identified independent associations at P < 5 × 10-8 with ten variants at nine new loci. At P < 0.05, we replicated associations with 10 of 11 variants previously reported in ER-negative disease or BRCA1 mutation carrier GWAS and observed consistent associations with ER-negative disease for 105 susceptibility variants identified by other studies. These 125 variants explain approximately 16% of the familial risk of this breast cancer subtype. There was high genetic correlation (0.72) between risk of ER-negative breast cancer and breast cancer risk for BRCA1 mutation carriers. These findings may lead to improved risk prediction and inform further fine-mapping and functional work to better understand the biological basis of ER-negative breast cancer.
| Original language | English |
|---|---|
| Pages (from-to) | 1767-1778 |
| Number of pages | 12 |
| Journal | Nature Genetics |
| Volume | 49 |
| Issue number | 12 |
| DOIs | |
| State | Published - Nov 2017 |
Keywords
- BRCA1 Protein/genetics
- Breast Neoplasms/ethnology
- Female
- Genetic Predisposition to Disease/ethnology
- Genome-Wide Association Study/methods
- Heterozygote
- Humans
- Mutation
- Polymorphism, Single Nucleotide
- Receptors, Estrogen/metabolism
- Risk Factors
- White People/genetics
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In: Nature Genetics, Vol. 49, No. 12, 11.2017, p. 1767-1778.
Research output: Contribution to journal › Article › peer-review
TY - JOUR
T1 - Identification of ten variants associated with risk of estrogen-receptor-negative breast cancer
AU - Milne, Roger L.
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AU - Michailidou, Kyriaki
AU - Beesley, Jonathan
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AU - Antoniou, Antonis C.
AU - Simard, Jacques
PY - 2017/11
Y1 - 2017/11
N2 - Most common breast cancer susceptibility variants have been identified through genome-wide association studies (GWAS) of predominantly estrogen receptor (ER)-positive disease1. We conducted a GWAS using 21,468 ER-negative cases and 100,594 controls combined with 18,908 BRCA1 mutation carriers (9,414 with breast cancer), all of European origin. We identified independent associations at P < 5 × 10-8 with ten variants at nine new loci. At P < 0.05, we replicated associations with 10 of 11 variants previously reported in ER-negative disease or BRCA1 mutation carrier GWAS and observed consistent associations with ER-negative disease for 105 susceptibility variants identified by other studies. These 125 variants explain approximately 16% of the familial risk of this breast cancer subtype. There was high genetic correlation (0.72) between risk of ER-negative breast cancer and breast cancer risk for BRCA1 mutation carriers. These findings may lead to improved risk prediction and inform further fine-mapping and functional work to better understand the biological basis of ER-negative breast cancer.
AB - Most common breast cancer susceptibility variants have been identified through genome-wide association studies (GWAS) of predominantly estrogen receptor (ER)-positive disease1. We conducted a GWAS using 21,468 ER-negative cases and 100,594 controls combined with 18,908 BRCA1 mutation carriers (9,414 with breast cancer), all of European origin. We identified independent associations at P < 5 × 10-8 with ten variants at nine new loci. At P < 0.05, we replicated associations with 10 of 11 variants previously reported in ER-negative disease or BRCA1 mutation carrier GWAS and observed consistent associations with ER-negative disease for 105 susceptibility variants identified by other studies. These 125 variants explain approximately 16% of the familial risk of this breast cancer subtype. There was high genetic correlation (0.72) between risk of ER-negative breast cancer and breast cancer risk for BRCA1 mutation carriers. These findings may lead to improved risk prediction and inform further fine-mapping and functional work to better understand the biological basis of ER-negative breast cancer.
KW - BRCA1 Protein/genetics
KW - Breast Neoplasms/ethnology
KW - Female
KW - Genetic Predisposition to Disease/ethnology
KW - Genome-Wide Association Study/methods
KW - Heterozygote
KW - Humans
KW - Mutation
KW - Polymorphism, Single Nucleotide
KW - Receptors, Estrogen/metabolism
KW - Risk Factors
KW - White People/genetics
UR - http://www.scopus.com/inward/record.url?scp=85035773185&partnerID=8YFLogxK
UR - https://www.webofscience.com/api/gateway?GWVersion=2&SrcApp=purepublist2023&SrcAuth=WosAPI&KeyUT=WOS:000416480600017&DestLinkType=FullRecord&DestApp=WOS
U2 - 10.1038/ng.3785
DO - 10.1038/ng.3785
M3 - Article
C2 - 29058716
SN - 1061-4036
VL - 49
SP - 1767
EP - 1778
JO - Nature Genetics
JF - Nature Genetics
IS - 12
ER -